De in het Brabantse Goirle geboren Joris Mathijsen belandde al snel bij de jeugdopleiding van Willem II. Daar kreeg de toen nog piepjonge verdediger in het seizoen 1998/1999 de kans om zich te bewijzen. Jarenlang bleef hij de Tilburgse formatie trouw, tot hij in de zomer van 2004 naar AZ vertrok. In Alkmaar groeide hij uit tot een betrouwbare verdediger. In de winterstop van het seizoen 2006/2007 verkochten de Alkmaarders hun talentvolle verdediger aan Hamburger SV. De Noord-Duitse club is momenteel nog steeds de werkgever van Mathijsen.
Bij Oranje kwam Mathijsen voor het eerst aan de bak op 17 november 2004 tegen Andorra. Zeven minuten voor tijd mocht de speler als verdediger het veld in. Op zowel het WK 2006 in Duitsland als het EK 2008 in Zwitserland en Oostenrijk was Mathijsen erbij. Sterker nog, de huidige HSV-speler had op beide eindtoernooien een steevaste basisplaats te pakken. Tot nu toe speelde Mathijsen vijftig interlands waarin hij drie keer doel trof.
In zijn professionele loopbaan als voetballer speelde Mathijsen in totaal 274 officiële duels. Daarin kwam hij elf keer tot scoren. Zijn teamgenoten bij Hamburger SV zijn onder andere Eljero Elia, Ruud van Nistelrooy en Romeo Castelen.
| Geboortedatum | 5 April 1980 |
| Geboorteplaats | Goirle |
| Huidige club | Malaga |
| Positie | Verdediging |
| Rugnummer | 4 |
| Interlands | 76 |
| Doelpunten | 2 |